优点
1分辨率高光学显微镜的分辨率为0.2μm透射电子显微镜的分辨率为0.2nm也就是说透射电子显微镜在光学显微镜的基础上放大了1000倍
2透射式电子显微镜常用于观察那些用普通显微镜所不能分辨的细微物质结构扫描式电子显微镜主要用于观察固体表面的形貌也能与X射线衍射仪或电子能谱仪相结合构成电子微探针用于物质成分分析发射式电子显微镜用于自发射电子表面的研究
缺点
1在电子显微镜中样本必须在真空中观察因此无法观察活样本随着技术的进步环境扫描电镜将逐渐实现直接对活样本的观察
2在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构这加剧了此后分析图像的难度
3由于电子散射能力极强容易发生二次衍射等
4由于为三维物体的二维平面投影像有时像不唯一
5由于透射电子显微镜只能观察非常薄的样本而有可能物质表面的结构与物质内部的结构不同
6超薄样品（100纳米以下）制样过程复杂困难制样有损伤
7电子束可能通过碰撞和加热破坏样本
8此外电子显微镜购买和维护的价格都比较高
