新生儿肺炎根据病因不同可分为：新生儿吸入性肺炎和新生儿感染性肺炎。前者又可分为羊水吸入肺炎、胎粪吸入性肺炎、乳汁吸入性肺炎。
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1、吸入性肺炎
多因吸入胎粪、羊水、乳汁等引起，也可因吞咽反射不成熟、吞咽动作不协调、食管反流或腭裂等因素引起乳汁或分泌物吸入而引起。早产儿及颅脑及患病儿因吞咽功能不协调，反射差或缺如，易发生呕吐物、乳汁吸入性肺炎。
2、产前感染
母孕期受病毒(如巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等)、细菌、原虫(如弓形体病)、衣原体和支原体等感染，病原体经血行通过胎盘和羊膜侵袭胎儿。
3、产时感染
胎膜早破超过6h，羊水可能被污染，若胎膜早破超过24h以上，发生感染的可能达30%，或羊膜绒毛膜炎时，产道内细菌如大肠埃希杆菌、克雷白杆菌、李斯特菌、B族链球菌等，上行导致感染，或胎儿在宫内吸入污染羊水而致病。
4、呼吸道途径
宝宝出生之后，接触新生儿者如患有呼吸道感染，其病原体可经飞沫由婴儿上呼吸道向下传播至肺;也可因婴儿抵抗力下降时(如受凉等)，其上呼吸道感染下行引起肺炎。
5、血行传播感染
患脐炎、皮肤感染、败血症时，病原体经血行传播至肺而引起肺炎。病原体以B组溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希杆菌及巨细胞病毒、呼吸道合胞病毒等多见。
6、医源性传播感染
医源性感染可由铜绿假单胞菌、厌氧菌及某些致病力低的细菌引起。由于医用器械如吸痰器、雾化器、供氧面罩、气管插管等消毒不严，暖箱湿度过高使水生菌易于繁殖，或使用呼吸机时间过长等引起肺炎;病房拥挤，消毒制度不严，医护人员洗手不勤，将患儿的致病菌带给其他新生儿。
7、护理不当，受凉等也是发生肺炎的诱因
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